历史沿革：江苏省农业科学院畜牧研究所前身为1931年设立的中央农业实验所畜牧兽医系，1949年更名为华东农业科学研究所畜牧兽医系，1958年改称中国农业科学院江苏分院畜牧兽医系，1978年改名为江苏省农业科学院畜牧兽医所。2001年8月与兽医研究所分设、整合成立畜牧研究所。
    研究方向：主要从事优质畜禽育种、种质资源保存与挖掘利用、健康养殖、繁殖调控新技术、养殖污染控制与资源化、智能化养殖、牧草育种与草饲料调制以及草畜结合等科技创新工作。

    学科定位：解决江苏及周边地区畜牧业发展过程中的关键性、方向性、应用基础性科技问题，推动成果产业化示范。
    发展目标：打造有区域特色和优势的学科；支撑江苏地区环境友好型畜牧业良性发展。
   人员情况：畜牧研究所现有在编职工73人，其中科技人员67人，研究员16人，副研究员31人；具有博士学位49人、硕士学位13人，硕士生导师26人。入选'新世纪百千万人才工程'国家级人选1人，享受政府特贴专家1人，江苏省有突出贡献的中青年专家1人，江苏省“333”工程第二层次培养对象2人、第三层次培养对象11人。 

    内设机构：畜牧研究所现设有猪育种与生产创新团队、家禽繁育与健康养殖创新团队、牛羊遗传改良与健康养殖创新团队、兔健康养殖创新团队、动物营养与饲料创新团队、草遗传育种与生态应用创新团队、饲草加工与草畜结合创新团队、养殖污染控制与资源化创新团队；建有农业农村部种养结合重点实验室、国家牧草育种创新基地、江苏省种质资源平台、江苏省畜禽精准育种工程研究中心、南京六合动物实验场、院“动物品种改良和繁育”重点实验室等政府平台，是院循环农业中心挂靠单位。
    近期业绩：近5年（2019~2023年）来，新增各类立项经费1.62亿元；专著6部；发表论文298篇，其中SCI论文111篇，SCI 1区15篇；申请专利137件，其中授权发明专利44件；完成技术服务和成果转化收益总计3990万元。获国家畜禽遗传资源委员会审定品种1个；获国家植物新品种审定2个；获农业农村部主推技术2项；获省主推技术2项；获江苏省科学技术奖二等奖1项；获神农中华农业科技奖二等奖1项；获江苏省农业技术推广奖二等奖1项；获江苏省农业科学院科学技术一等奖1项；获江苏省科学技术奖三等奖1项。

    “十四五”期间，畜牧研究所将立足江苏，服务三农，为现代畜牧业发展作出新的贡献。