历史沿革：江苏省农业科学院畜牧研究所前身为1931年设立的中央农业实验所畜牧兽医系，1949年更名为华东农业科学研究所畜牧兽医系，1958年改称中国农业科学院江苏分院畜牧兽医系，1978年改名为江苏省农业科学院畜牧兽医所。2001年8月与兽医研究所分设、整合成立畜牧研究所。

研究方向：主要从事优质畜禽育种、种质资源保存与挖掘利用、健康养殖、繁殖调控新技术、养殖污染控制与资源化、智能化养殖、牧草育种与草饲料调制以及草畜结合等科技创新工作。

学科定位：解决江苏及周边地区畜牧业发展过程中的关键性、方向性、应用基础性科技问题，推动成果产业化示范。
发展目标：打造有区域特色和优势的学科；支撑江苏地区环境友好型畜牧业良性发展。
人员情况：畜牧研究所现有在编职工74人，其中科技人员67人，研究员18人，副研究员32人；具有博士学位50人、硕士学位13人，硕士生导师26人。入选'新世纪百千万人才工程'国家级人选1人，享受政府特贴专家1人，江苏省有突出贡献的中青年专家1人，江苏省“333”工程第二层次培养对象1人、第三层次培养对象10人。 

内设机构：畜牧研究所现设有猪育种与生产创新团队、家禽繁育与健康养殖创新团队、牛羊遗传改良与健康养殖创新团队、兔健康养殖创新团队、动物营养与饲料创新团队、草遗传育种与生态应用创新团队、饲草加工与草畜结合创新团队、养殖污染控制与资源化创新团队；建有农业农村部种养结合重点实验室、国家牧草育种创新基地、江苏省种质资源平台、江苏省畜禽精准育种工程研究中心、南京六合动物实验场、院“动物品种改良和繁育”重点实验室等政府平台，是院循环农业中心挂靠单位。

近期业绩：“十四五”期间，新增各类立项经费1.23亿元，到账经费1.38亿元，累计到账技术服务和成果转化收益4237万元。作为主持单位，获国家植物新品种审定1个；获农业农村部主推技术3项、省农业重大推广技术2项、省主推技术8项，入选国家林草局林业科技推广成果库名录3项、中国农业农村重大新技术新产品新装备1项；主持获得江苏省科学技术奖二等奖、三等奖各1项；累计发表学术论文343篇，其中SCI论文158篇；授权国家发明专利71件（其中国际专利6件）；主持颁布行业标准1项，地方标准14项。获副省级以上领导批示1件。